Archivos imborrables aún como root

Hoy en la noche otro usuario de mandria Linux 2011 me pregunto acerca de un archivo corrupto en su pendrive, y decidí ayudarlo, pues resulta que me tope con que tenía algunos archivos modificados en solo lectura por un tal "usuario desconocido" bueno, entonces pensé que se trataba de problemas de permisos, pero aquí es donde comienza a ponerse escalofriante el asunto. Abrí una terminal como root y me dispuse a cambiar permisos con chmod, pues resulta que no pasó nada, entonces empeze a sospechar de algún virus de Windows y le pregunte si había utilizado su memoria en ese sistema últimamente, a lo que respondió afirmativamente, entonces use ls -l para ver los archivos ocultos y efectivamente había una carpeta sospechosa y unos archivos con el nombre ._archivo del usuario, que coincidían con los archivos dañados, abrí estos archivos mediante knote y en cada uno se podía leer debido a la codificación Mac Os X y una línea mas que era ilegible, bueno pues entonces procedí a intentar borra tanto la carpeta oculta como estos archivos con rm - rf; rm- Rf, rmdir como root y nada me aparecía que yo no podía borrarlos, así que por cuestión de tiempo de mi colega le di formato a su memoria, mi duda es,

POR QUE no pude borrar los archivos aun siendo root?

Esta claro que el atacante tenía un patrón pues sólo ataco los archivos que en sus nombres contenían las palabras "programas" y "listas" o que tuviesen terminación de Excel, esto lo considero importante por que que pasaría si empezara a atacar a sistemas Linux, hasta ahorita fueron 4 archivos pero un root indefenso es algo que da miedo, se me pasaba también leí un método para que siendo root no pudiese modificar ciertos archivos para proteger los datos de un " accidente" pero no coincide con lo acontecido, pues existía una carpeta llena de archivos bastante elaborados, lamentablemente borre todo en la memoria, si alguien sabe algo ha cerca de esto por favor orienteme.