¿Es necesario defragmentar?

1) Yo no he desfragmentado ningún ordenador con linux en más de 5 años. Olvídate de eso.
 

2) Sobre la eliminación de paquetes no necesarios, eso es algo muy subjetivo. Hay un intento llamado "paquetes huérfanos" que no te recomiendo en absoluto porque te destrozará el sistema. Si tienes claro que algo no te va a hacer falta, quítalo, pero ante la duda es mejor dejar las cosas como están. Ten en cuenta que en linux, hay muchas bibliotecas que se comparten por varios programas a la vez. De todas formas, rpmdrake te avisará de todas las dependencias que se han de quitar, así que te puedes hacer una idea de si te conviene o no quitar algo.

3) Supongo que puedes limpiar de vez en cuando las carpetas /tmp y /home/tusuario/tmp, pero teniendo cuidado de no borrar los ficheros del día. Dependerá del uso que des al ordenador, pero yo las limpio una vez al año. 

4) En Mandriva, cuando desinstalas un programa, los ficheros del sistema se borran del todo, y sólo suelen quedar los propios del usuario, normalmente en carpetas ocultas en el home, que puedes borrar a mano. Por ejemplo, si instalas el programa gftp, cuando lo lances por primera vez se creará la carpeta /home/tu_usuario/.gftp con los ficheros de usuario que necesites; esta carpeta no se borra si desintalas gftp, pero la puedes borrar fácilmente. Otras carpetas con funciones parecidas son .local, .kde4, .config, .gnome2, etc. 

De todas formas, la capacidad de los discos duros actuales hace que te puedas olvidar de estas carpetas casi sin problemas. 

Saludos