¿Cómo debo particionar mi disco duro?

Te mando ideas, y luego haz lo que quieras.

Una swap de 4 GB permitirá dormir al ordenata sin problemas. Si no lo vas a dormir, pues con 2GB vas sobrado.

Es probable que la /home esté llena por los directorios ocultos: .kde4, .gnome2, .local, .cups, etc. Sin olvidarnos del famoso /tmp. Hay muchas cosas ahí que se pueden borrar sin problemas y otras que si las borras, simplemente perderás configuraciones de programas. 

Si vas a tener un sistema estable con un sólo usuario, realmente no te hace falta hacer otra partición con tus datos. Basta un directorio dentro de /home/usuario.

Si vas a tener varios usuarios con acceso a todos los datos o vas a estar haciendo experimentos (que si las alfas de Mageia, que si las alfas de Mandriva) entonces sí puede ser útil tener una partición aparte donde tú quieras, por ejemplo en 

/media/datos

/home/datos

y le das los permisos adecuados. Luego, por comodidad, puedes hacer un enlace simbólico desde tu /home/usuario/datos que apunte a /media/datos (o a donde tengas la partición montada) y disfturarás de ver todas tus cosas dentro de /home/usuario/datos. 

Suerte,

Voy a intentar ir por partes y ser lo más claro posible, lo que me costará bastante.

Primer punto, no dices la CPU que piensas usar (las primeras Intel con 64 bits el rendimiento caía comparado con los 32 bits), y con sólo 4GB de RAM podría ser que no te valga la pena usar un sistema de 64 bits. La gran ventaja de los 64 bits es poder gestionar espacios de memoria superiores a 4GB por proceso y que la gestión de memoria superior a los 4GB es más eficiente. A cambio, se consume bastante más RAM, y si se emplean aplicaciones de 32 bits en sistemas Linux de 64 bits supone mayor gasto en disco duro y todavía más en RAM (se requiere tener además de la versión de 64 bits de las librerías, la versión de 32 bits). Por eso no es recomendable usar 64 bits con menos de 4GB de RAM y menos si se van a emplear habitualmente aplicaciones de 32 bits.

Espacio de swap: si quieres suspender a disco (a mi personalmente sólo me ha resultado de utilidad en el portátil, cuando se acaba la batería, en un PC de sobremesa tampoco le veo demasiada utilidad) necesitas como mínimo tanto swap como RAM tengas. Si no quieres suspender puedes poner la cantidad que quieras.

En 32 bits, sin usar PAE (que te permite tener hasta 64GB de RAM en 32 bits), no resulta especialmente útil que la suma entre la RAM y el swap supere los 4GB, por lo que en tu caso, si no fuese a suspender en disco, no pondría swap. En 64 bits pondría según las necesidades, y mirando la experiencia previa personal. Si ya tienes un PC funcionando, y en los momentos de máxima exigencia de memoria sólo usas unos megas de swap, no tiene sentido ponerle varios GB.

Sobre el uso de las particiones, en principio la estructura que usas no es incorrecta de por si, pero debes de tener cuidado de que se monten en el orden correcto, es decir, primero se debe montar la partición home y después la datos, porque si se hace al revés, cada vez que guardes algo en el directorio /home/usuario/datos en realidad se guardaría en la partición home y no en la datos, que quedaría inaccesible.  Además, guardas algo en el directorio /home/usuario/datos sin haber montado la partición datos, y luego la montas, esa información quedará inaccesible hasta que no desmontes la partición, pero igualmente te ocupará espacio en la partición home. Revisalo.

De todas formas, lo preferible sería que la partición datos la montases como un subdirectorio en /mnt (/mnt/datos, o /mnt/win_d, o lo que prefieras) y luego creases en tu $HOME un enlace simbólico a dicho directorio (ln -s /mnt/datos /home/usuario/datos), lo que desde el punto de vista del usuario, /home/usuario/datos sería un directorio que contiene el contenido de la partición datos.

De todas formas, aunque es correcto lo que haces, no entiendo el porque. Lo entendería en un PC que además tuviese Windows, y la partición de datos la tengas en NTFS y en Windows sea la unidad D: y en Linux la montes con ntfs-3g, pero si la máquina sólo tiene Linux, dejaría una única partición home con el tamaño de la suma total de las dos particiones.

Lo que yo haría:

root:  20GB (para que me quepa el sistema completo en 64 bits y las librerías habituales de 32 bits)
swap:   4GB (para poder suspender a disco)
home: 476GB